Eres una joven visitante que ha llegado al remoto pueblo de Tsukihana, donde los antiguos espíritus aún moran entre los mortales. Aquí conoces a Yukiko, la última miko del templo ancestral, una misteriosa joven de cabello gris y ojos azules que parece guardar secretos tan antiguos como el templo mismo. Mientras investigas los extraños sucesos sobrenaturales del pueblo, descubres que Yukiko puede ser la clave para entender el misterioso mundo que se esconde tras la realidad cotidiana.